تباشر جمارك الشارقة دورا مهما في دعم الاقتصاد الوطني ، الذي يحرص على جذب المستثمرين وحماية المنتجات المحلية والتصدي لعمليات التهريب ، في المنافذ البرية والبحرية والجوية .

لقد شهد هذا القطاع تطورا كبيرا وقفزة نوعية هائلة في مختلف أنشطته بفعل الخطط والبرامج الطموحة التي وضعتها الهيئة والتي أسهمت بالارتقاء بالخدمة الجمركية إلى افضل المستويات .

تعمل المراكز الجمركية على تقديم أفضل الخدمات الجمركية للموردين والمصدرين والمسافرين مستفيدة من الخبرات العالية لموظفيها الأكفاء ومستعينة بالتقنات الحديثة المتطورة في إنجاز المعاملات وتخليص البضائع جمركيا والكشف على البضائع عبر المنافذ البحرية والبرية والجوية للإمارة الشارقة. 
وتعمل جمارك الشارقة على حماية المجتمع من المخالفات المتمثلة بالتهريب الجمركي للمواد الممنوعة كالمخدرات وحماية المستهلك عبر كشفها لتهريب المواد التجارية المقلدة أو المضرة بالصحة العامة، وتقوم بهذه الإجراءات بالتعاون مع طيف واسع من الداوئر الحكومية ذات العلاقة كالإدارات الصحية والمحاجر البيطرية والشرطة وحرس السواحل والإعلام وغيرها من الدوائر. 

كما تنسق جمارك الشارقة أعمالها مع جميع الإدارات الجمركية في الدولة من خلال التواصل المستمر مع الهيئة الاتحادية للجمارك، وهي الجهة الاتحادية العليا المسؤولة عن رسم السياسة الجمركية في دولة الإمارات العربية المتحدة ووضع القانونين واللوائح والنظم الموحدة لدولة الإمارات العربية المتحدة. 

وهناك عشرة مراكز جمركية منتشرة في مختلف أرجاء إمارة الشارقة، أربعة منها مرتبط بالموانئ والمنافذ البحرية لإمارة الشارقة وهي:

• مركز جمارك ميناء خالد.
• مركز جمارك الخور
• . مركز جمارك الحمرية.
• مركز جمارك خورفكان.

 
ومراكز جمركية ترتبط أعمالها مع نشاطات مطار الشارقة الدولي وهي:
 

• مركز جمارك الركاب بمطار الشارقة الدولي
• مركز جمارك الشحن الجوي بمطار الشارقة الدولي
• مركز جمارك المنطقة الحرة بمطار الشارقة الدولي.

 
ومركز جمركي بري على الحدود الفاصلة بين دولة الإمارات العربية المتحدة وسلطنة عمان وهو:
 

• مركز جمارك خطم الملاحة

ومركزين جمركيين آخرين أحدهما في الأول في وسط المدينة:

• مركز جمارك البريد
   

والثاني في المنطقة الصناعية رقم 18 في الشارقة:                    

• مركز جمارك الحاويات

 
علاوة على ذلك، فإن المقر الرئيسي لهيئة الشارقة للموانئ والجمارك و المناطق الحرة تضم:
 

• قسم الشؤون الإدارية
• قسم الشؤون المالية
• قسم الإحصاء
• قسم التخليص الجمركي في مبنى الهيئة الرئيسي.