في الفترة التي سبقت صدور قانون الجمارك، كانت دائرة الجمارك في الشارقة تقوم بتنفيذ السياسة العامة للإمارة والمتمثلة في تنفيذ الأوامر والتوجيهات التي يصدرها حاكم الشارقة في كافة الاختصاصات مثل فرض الرسوم على الواردات القادمة عن طريق البحر والجو عبر مطار الشارقة والبر عن طريق الحدود البرية للشارقة. كما كانت قبل قيام الاتحاد تصدر الجوازات للمسافرين ( كانت آنذاك عبارة عن أوراق مرور) وتقوم بمهام الدائرة المالية في الإمارة بصرف رواتب جميع الموظفين العاملين بالحكومة من مدرسين والعاملين في المطار وعمال النظافة وحراس الموانئ والمطار، كما كانت تصدر شهادات الميلاد وشهادات حسن السيرة والسلوك بدلاً من وزارة الصحة وتقوم بتسجيل وبيع الأراضي وشهادات التمليك واستقبال الرسائل الواردة للحاكم والمرسلة منه وكانت الرسوم أو الضريبة الجمركية التي تفرض على البضائع الواردة تبلغ 2% دون تمييز على نوع البضاعة. وكان المرحوم عيسى بن محمد المدفع أول مدير جمارك.

كانت الجمارك بمفهومها الحديث قد تأسست في الشارقة عام 1976 بموجب مرسوم أصدره صاحب السمو الدكتور الشيخ سلطان بن محمد القاسمي، عضو المجلس الأعلى حاكم الشارقة، وقد عرف هذا المرسوم بـــ(مرسوم الجمارك لعام 1976)، تضمن المرسوم قانون ونظم العمل الجمركي عند المنافذ البرية والجوية والبحرية لإمارة الشارقة.

لقد شهد هذا القطاع تطورا كبيرا وقفزة نوعية هائلة في مختلف أنشطته بفعل الخطط والبرامج الطموحة التي وضعتها دائرة الموانئ البحرية والجمارك والتي أسهمت بالارتقاء بالخدمة الجمركية إلى أفضل المستويات.

وفي 27 يوليو  2020م أصدر صاحب السمو الشيخ الدكتور سلطان بن محمد القاسمي، عضو المجلس الأعلى، حاكم الشارقة، مرسوم بقانون رقم 5 لسنة 2020 م، بشأن إنشاء وتنظيم هيئة الشارقة للموانئ والجمارك والمناطق الحرة، وتكون مسؤولة عن الموانئ والجمارك والمناطق الحرة والمنافذ والنقاط الحدودية في إمارة الشارقة.